Команда Итана Ханта провалила операцию без объяснимых причин: несколько агентов погибли, включая руководителя группы Джима Фелпса. В живых осталась только его вдова, коллега Ханта, агент Клэр. Вскоре выясняется, что в ЦРУ проник "крот", но главным подозреваемым неожиданно становится сам Хант. Чтобы очистить имя и найти настоящего двойного агента, Хант решает действовать без поддержки организации. Вместе с Клэр и двумя бывшими агентами, Кригером и Лютером, он разрабатывает дерзкий план: выкрасть секретную базу данных ЦРУ прямо из штаб-квартиры в Лэнгли. Операция проходит успешно, и дискета оказывается у Ханта. Но в тот момент, когда кажется, что правда вот-вот раскроется, на связь с ним выходит человек, которого все считали мёртвым. Джим Фелпс жив, он чудом выжил и называет имя настоящего предателя. Теперь Хант загнан в угол: каждое его движение лишь укрепляет подозрения, и он не знает, кому из немногих оставшихся союзников можно доверять. Ему предстоит решить, кто говорит правду, пока "крот" не нанёс новый удар.